Pengelolaan sumber daya air (SDA) sangat tergantung dengan curah hujan, dimana hal ini sangat berpengaruh terhadap ketersediaan air di masing-masing wilayah sungai.

Ketersediaan air di Wilayah Sungai yang menjadi wilayah kerja perusahaan sangat dipengaruhi oleh kondisi tampungan air waduk. Untuk Wilayah Sungai Brantas dipengaruhi oleh kondisi tampungan air Waduk Sutami, Waduk Lahor, Waduk Bening, Waduk Wonorejo dan Waduk Selorejo. Sementara untuk ketersediaan air di wilayah sungai Bengawan Solo dipengaruhi oleh kondisi tampungan air Waduk Wonogiri. Ketersediaan air di wilayah sungai Jratunseluna dipengaruhi oleh kondisi tampungan air di Waduk Kedung Ombo dan ketersediaan air di wilayah sungai Serayu Bogowonto dipengaruhi oleh kondisi tampungan air di Bendungan Wadaslintang dan Bendungan Sempor. Sedangkan pada wilayah sungai Toba Asahan ketersediaan air dipengaruhi oleh kondisi tampungan air di Danau Toba dan Bendungan Siruar.

Penurunan kapasitas waduk akibat sedimentasi masih menjadi persoalan utama yang menjadi perhatian Perusahaan karena bersifat serius dan terus menerus sepanjang tahun. Waduk-waduk yang mengalami penurunan tampungan di WS Brantas adalah Waduk Sengguruh (tingkat sedimentasi rerata 0,78 juta m3/tahun), Waduk Sutami (rerata 4,39 juta m3/tahun) dan Wlingi (rerata 0,53 juta m3/tahun), sedangkan di WS Bengawan Solo waduk yang mengalami sedimentasi adalah Waduk Wonogiri (rerata 5,70 juta m3/tahun).

Menurunnya kapasitas waduk tersebut dapat mempengaruhi upaya pengendalian banjir dan mengurangi pelayanan air baku kepada para pemanfaat. Agar waduk-waduk tersebut tetap berfungsi dengan baik, setiap tahun Perusahaan memprogramkan kegiatan O&P berupa pengerukan sedimen (dredging) dan penggelontoran sedimen (flushing).