Perum Jasa Tirta I melaksanakan kegiatan pengelolaan sumber daya air pada Wilayah Sungai Brantas yang mencakup 40 sungai, serta Wilayah Sungai Bengawan Solo yang mencakup 25 sungai sesuai dengan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 46 Tahun 2010. Selanjutnya, melalui Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 2 Tahun 2014, wilayah kerja Perum Jasa Tirta I diperluas dengan penambahan Wilayah Sungai Toba Asahan, Wilayah Sungai Serayu Bogowonto, dan Wilayah Sungai Jratunseluna. Pada tahun 2026, berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 9 Tahun 2026 tentang Penambahan Wilayah Kerja Perusahaan Umum (Perum) Jasa Tirta I, pemerintah kembali memberikan amanah pengelolaan pada empat wilayah sungai, yaitu Wilayah Sungai Bali-Penida, Wilayah Sungai Pompengan-Larona, Wilayah Sungai Saddang, dan Wilayah Sungai Parigi-Poso. Dengan penambahan tersebut, Perum Jasa Tirta I kini mengemban tugas pengelolaan sumber daya air pada 9 wilayah sungai strategis di Indonesia. Sesuai ketentuan dalam Keputusan Presiden tersebut, Perum Jasa Tirta I melaksanakan sebagian tugas dan tanggung jawab pengelolaan sumber daya air pada wilayah sungai yang ditetapkan, sementara sebagian tugas lainnya tetap dilaksanakan oleh pemerintah melalui Balai Besar Wilayah Sungai atau Balai Wilayah Sungai sesuai kewenangannya.